化學試劑，如鐵鹽和鋁鹽等，通過投加進入到活性污泥工藝（水線、主流工藝）中。通常，這被定義為輔助化學除磷。在實際條件下不采用生物法與前置沉淀工藝組成復合工藝。對活性污泥投加化學試劑有兩種可選投加點：

在厭氧段末端
從化學沉淀的角度看，投加點應選在正磷酸鹽濃度最高的地方，即厭氧池末端。

在好氧區
例如在進入到二沉池的溢流液中。由于磷酸鹽濃度較低，對比在厭氧段末端，投加量較低。選擇這一投加點要比在厭氧段末端具有優勢，特別是根據在線檢測出水中磷酸鹽濃度直接控制投加量時。 無論在任何投加點，金屬鹽與活性污泥的充分混合都是十分必要的。這意味著金屬鹽應投加到例如溢流液中、連續運行的攪拌器和表曝機的旁邊或另行安裝一特殊的混合器。

為避免生物污泥中化學污泥聚集的弊端，將投加點選在污泥線也是一種可選方法。這意味著輔助投加化學試劑將被分開進行。生物除磷側流工藝就是一個這樣的例子。在一個所謂的“除磷池”中聚磷菌中貯存的磷得到釋放，然后進行正磷酸鹽的化學固磷。一部分污泥有循環回流到主流中。除了金屬鹽，其他的試劑，如鈣和一些其他的物理化學方法也可應用。

另外一個在活性污泥工藝分別投加化學試劑的方法，在水線中污泥沉淀發生在厭氧段末端。可以通過在厭氧池中設置一個單獨的區域或通過在間歇地關閉混合器來達到這一效果。含有較高磷酸鹽濃度的厭氧池上清液進入水線中后進行沉淀，與過量污泥一起進入重力濃縮池。這種輔助投加化學試劑的方法已應用于BCFS工藝。