藥物鑒別方法通常有化學法、光譜法、色譜法、生物學法等幾大類。
化學法有制備衍生物測定熔點、呈色反應、沉淀反應、氣體生成反應、焰色反應等方法。
光譜法有紫外光譜法、紅外光譜法等。藥物結構不同，會得到不同的紫外光譜和紅外光譜，借此進行鑒別。
色譜法有薄層色譜法、紙色譜法、高效液相色譜法、氣相色譜法。藥物分子由于結構不同，吸附或分配等性質不同，所以在一定的色譜條件下可產生差速遷移，根據藥物分子的保留值等特征色譜行為可對藥物進行鑒別。
對于某些有特殊生物效應的藥物，可根據藥物的特殊生理活性將藥物通過各種途徑給予微生物、動物或動物的離體器官，觀察藥理作用以鑒別藥物，多用于抗生素及生化藥物的鑒別。
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