紙色譜是利用濾紙進行色譜分離的方法。一般認為濾紙本身是惰性載體，而濾紙纖維素所吸附的水是固定相。由于吸附水部分以氫鍵締合形式與纖維素的羥基結合在一起，一般難以洗脫，因而紙色譜不僅可以用與水不相混溶的有機溶劑作流動相，而且也可用與水相混溶的有機溶劑作流動相（如丙酮、乙醇等與水混合的溶液作流動相）。

紙色譜操作方法如下：
1、點樣。取濾紙條，在接近紙條一端處點上欲分離的試液。試樣需溶于適當的溶劑中，最好采用與展開劑極性相似且易于揮發的溶劑，一般可用乙醇、丙酮、氯仿，盡量避免用水作溶劑，因為水溶液斑點易擴散且不易揮發除去。在無機紙色譜操作中也可用水作溶劑；液體試樣也可直接點樣。紙色譜是一種微量分離方法，所點試樣量一般為數微克到數十微克，依顯色反應靈敏度和濾紙厚薄及性能而定。點樣可用管口平整的玻璃毛細管或微量注射器吸取試液后，輕輕接觸濾紙。一張濾紙可并排點數點試液，兩點間應距離2cm，點樣處離紙端約3-4cm。 。原點愈小愈好，一般直徑以2-3mm為宜。如試液太稀，可反復點樣數次。每次應待溶劑揮發后再點，以免原點擴散。為了促使溶劑揮發，可用紅外燈烘烤或電吹風吹干。

2、展開。一般常用上升法。紙色譜的流動相習慣稱作展開劑，層析筒應密閉，筒內應先用展開劑蒸氣飽和。上升法設備簡單，但展開速度慢。下行法是把試液原點放在紙條接近上端處，而把紙條上端浸入盛展開劑的玻璃槽中，玻璃槽放在架子上，讓展開劑沿濾紙條逐漸向下移動。還可采用環行法，即在圓濾紙中心穿一小孔，小孔周圍點上試液，小孔中插入一條濾紙條卷成的“燈芯”，另取兩只直徑比濾紙略小的培養皿，一皿中放展開劑，濾紙則平放在這個培養皿上，上面再罩另一只培養皿以防展開劑揮發。這樣展開會形成同心圓的弧形譜帶，作徑向展開，又稱為燈芯法。

若是一次色譜分離不可能把各組分完全分開，則可用雙向色譜法。為此可用方形濾紙，在濾紙一角點樣，先用一種展開劑朝一個方向展開后，待溶劑揮發后再用另一種展開劑朝原來垂直方向進行第二次展開，如前后兩次展開劑選擇適當，可以使各種組分完全分離。

3、顯色。對于有色物質，展開后即可直接觀察到各個色斑。對于無色物質，可應用各種物理的和化學的方法使之顯色。最簡單的物理方法是用紫外燈照射，觀察有機物對紫外光吸收的顏色或經紫外光照射后發出的熒光。亦可采用噴射顯色劑的方法顯色。顯色劑各種各樣，只要能觀察到色斑均可，通常采用噴霧顯色法，即先將顯色劑配制成一定濃度的溶液，然后用噴霧器均勻噴灑在濾紙上，要求霧滴細而均勻，噴霧與紙的距離以0.7-1m為宜，且在通風櫥中進行。